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兩者都是接在色譜柱前面，都可以起到防止固體顆粒物質(zhì)堵塞色譜柱篩板的作用。

但是兩者也有區(qū)別，在線過濾器內(nèi)是一個(gè)具有一定孔徑的篩板，只能過濾掉一些大于篩板孔徑的雜質(zhì)。清洗的時(shí)候，只要取下篩板，分別用水和甲醇各超聲10min，就能正常使用了。保護(hù)柱的卡套中放置的是保護(hù)柱芯，大部分保護(hù)柱芯可以根據(jù)需要自行更換。柱芯內(nèi)有填料，使用者需選用跟分析柱一致的填料作為柱芯的填料。保護(hù)柱芯不僅能過濾固體雜質(zhì)，還能吸附一些強(qiáng)ji性、強(qiáng)酸性或者強(qiáng)堿性的物質(zhì)，防止色譜柱內(nèi)填料的污染，可以對色譜柱進(jìn)行全方位的保護(hù)。

如何科學(xué)選擇保護(hù)柱，且不影響分離分析呢？首先要選擇與色譜柱填料規(guī)格一致的保護(hù)柱。對于大部分分析工作者來說，一只1cm長的保護(hù)柱便能提供充分的保護(hù)作用。當(dāng)然保護(hù)柱越長，里面的填料越多，越能起到保護(hù)作用，但是樣品的保留時(shí)間也會(huì)相應(yīng)增加。因而對于選擇保護(hù)柱的原則是：在滿足分離分析要求的前提條件下，盡可能的選擇較短的保護(hù)柱，盡可能選擇對分離樣品小一些保留性的填料。

目前市面上的保護(hù)柱和在線過濾器，主要有兩種類型：直連式和獨(dú)立式。直連式結(jié)構(gòu)是可以直接安裝在色譜柱上，直連式保護(hù)柱或在線過濾器，其與分析柱直接連接，無需額外的管路或接頭。其優(yōu)點(diǎn)是，使用方便，柱外死體積小。獨(dú)立式的保護(hù)柱和在線過濾器，相對于分析柱而言是獨(dú)立的，需要通過接頭和連接管路，才能和分析柱連接在一起。用戶而且可以根據(jù)不同的樣品選擇合適的保護(hù)柱長度和柱芯填料。

另外從保護(hù)柱結(jié)構(gòu)的角度看，保護(hù)柱結(jié)構(gòu)又分為是否可以更換保護(hù)柱柱芯，現(xiàn)在大多數(shù)的保護(hù)柱均可以更換柱芯，可以降低保護(hù)柱的使用成本。