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質(zhì)譜儀是分離和檢測(cè)帶電物質(zhì)的質(zhì)量差異的一類(lèi)儀器。離子化過(guò)程對(duì)質(zhì)譜檢測(cè)十分關(guān)鍵，只有將分析物變成帶電離子并轉(zhuǎn)移到氣相中，才能被質(zhì)譜儀檢測(cè)到。目前的離子化有ESI、MALDI、APCI和APPI。質(zhì)譜儀通常由離子源、真空接口、質(zhì)量分析器和檢測(cè)器組成。檢測(cè)器可分為磁質(zhì)譜、四極桿質(zhì)譜、離子阱質(zhì)譜、傅里葉回旋共振質(zhì)譜、飛行時(shí)間質(zhì)譜等。

四極桿質(zhì)譜儀是由四根精密加工的電極桿以及分別施加于x、y方向的兩組高壓高頻射頻組成的電場(chǎng)分析器，高壓高頻信號(hào)提供了離子在分析器中運(yùn)動(dòng)的輔助能量，這一能量是選擇性的，只有符合條件的離子才能夠不被無(wú)限制地加速，安全地通過(guò)四極桿分析器。

三重四極桿串聯(lián)質(zhì)譜儀是由兩個(gè)串聯(lián)的四極桿以及位于兩個(gè)四極桿中間的碰撞室組成的質(zhì)譜儀。di一個(gè)四極桿質(zhì)量分析器將待測(cè)物的離子進(jìn)行di一級(jí)分離，被選定質(zhì)核比的離子離開(kāi)di一個(gè)四極桿質(zhì)量分析器，在碰撞室中與惰性氣體碰撞裂解，產(chǎn)生一系列的新離子，新的二級(jí)離子進(jìn)入第三個(gè)四極桿質(zhì)量分析器中被檢測(cè)。兩級(jí)質(zhì)量分析比單級(jí)所獲得的化學(xué)專(zhuān)屬性要高得多，能得到非常高的分析選擇性和靈敏度。

串聯(lián)四極桿混合離子阱質(zhì)譜儀是將三重四極桿質(zhì)譜儀中更后一級(jí)四極桿改為線(xiàn)性離子阱。離子阱（Ion trap），大致分為三維離子阱（3D Ion Trap）、線(xiàn)性離子阱（Linear Ion Trap）、軌道離子阱（Orbitrap）三種。

四極桿-飛行時(shí)間串聯(lián)質(zhì)譜儀是將三重四極桿質(zhì)譜的第三重四極桿換成飛行時(shí)間質(zhì)譜。利用動(dòng)能相同而質(zhì)核比不同的離子在恒定電場(chǎng)中運(yùn)動(dòng)，經(jīng)過(guò)恒定距離所需時(shí)間不同的原理對(duì)物質(zhì)成分或結(jié)構(gòu)進(jìn)行測(cè)定，屬于高分辨質(zhì)譜范疇，可以給出待測(cè)化合物精確的分子結(jié)構(gòu)信息。